Фамилия Балюбашенко — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а прозвище, построенное на глагольной конструкции. В ней легко угадывается украинская или белорусская модель образования: корень «балюбаш-» и типичный для восточнославянских фамилий суффикс «-енко», который в XVI–XVII веках закрепился в Поднепровье и означал «сын», «потомок» или «маленький». То есть носитель фамилии — потомок человека по прозвищу Балюбаш.

Самое интересное — основа. «Балюбаш» почти наверняка восходит к глагольной форме «балю» (от «балити» — ворожить, колдовать, заговаривать) и «баш» — древнему корню со значением «бить», «ударять» (ср. «башити» в украинских говорах — бить, колотить). В сумме получается прозвище «Балюбаш» — человек, который «ворожит и бьет», то есть знахарь, заговаривающий болезни или раны. В народной медицине таких людей называли «балюбасами» или «балюбашниками» — они лечили наговорами и ударами (похлопыванием) по больному месту. Версия с чисто тюркским корнем (от «балю» — рана и «баш» — голова) менее правдоподобна, хотя и возможна в зонах смешанного населения: тогда прозвище могло означать «рана на голове» или «человек с раненой головой», но такая мотивация для прозвища встречается реже.

Географически фамилия привязана к исторической территории Черниговщины и Полтавщины, где подобные глагольные прозвища (типа «Гуляй-День», «Непийвода») были обычным делом. В реестрах казаков XVII века встречаются однокоренные «Балюбаш» и «Балюбашенко» — скорее всего, предки были не знатными старшинами, а рядовыми казаками или крестьянами, занимавшимися знахарством. Суффикс «-енко» в этой среде был почти универсальным: он не указывал на сословие, а просто оформлял фамилию по отцу.

Сегодня фамилия крайне редкая. Её носители, скорее всего, потомки тех самых запорожских или гетманских казаков, которые получили прозвище за необычный промысел — лечение заговорами и ударами. Никакой «дворянской» версии для Балюбашенко не существует: в родословных книгах Российской империи эта фамилия не фиксировалась, что подтверждает её простонародное, но очень живое происхождение.