Фамилия Барафанов — редкий случай, когда её происхождение можно проследить до конкретной точки на карте и даже до имени конкретного человека. В основе фамилии лежит не прозвище и не профессия, а топоним — название украинского поселка Бараф в Днепропетровской области. Поселок возник в 1890-х годах и был назван по фамилии владельца земель, доктора Барафа. Таким образом, предок носителя фамилии Барафанов, скорее всего, был уроженцем или жителем этого поселка.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: от названия места (Бараф) через притяжательное прилагательное (Барафанов) образована фамилия, отвечающая на вопрос «чей?». Суффикс -ов указывает на принадлежность: сын человека, связанного с Барафом. Модель типична для русских фамилий, образованных от географических названий, но интересна тем, что исходная точка — не село или город, а небольшой поселок, возникший в конце XIX века.

Сама фамилия Бараф (доктора, давшего имя поселку) имеет, по всей видимости, греческие корни. Фамилия Бараф распространена среди греков Приазовья, и доктор, вероятно, принадлежал к этой общине. Эта деталь добавляет фамилии Барафанов неожиданный этнический оттенок: русская по форме (суффикс -ов), она восходит к греческой по происхождению основе.

Версия о прозвище Барафан (от «барабан») менее правдоподобна, хотя фонетически и соблазнительна. Переход «барабан» → «барафан» нехарактерен для русских говоров, а фамилия Барабанов встречается часто и имеет свою ясную этимологию. Для Барафанова же связь с поселком и его основателем выглядит более конкретной и исторически обоснованной.

Фамилия редкая, в официальных справочниках и переписных книгах XIX века почти не встречается, что косвенно подтверждает её позднее происхождение (поселок возник в 1890-х). Скорее всего, фамилия закрепилась за одной или несколькими семьями, переселившимися из Барафа в другие регионы России или Украины уже в начале XX века.