Фамилия Барахнин образована от прозвища или имени Барахна. Самая вероятная версия связывает его с тюркским словом «барак» — так называли породистую охотничью собаку с длинной и мягкой шерстью. Вряд ли прозвище было обидным: в тюркской среде такое имя давали мальчику с пожеланием чуткости и благородства, сравнивая с верным и выносливым псом. Менее убедительна гипотеза, что Барахна — это адаптация еврейского имени Барак («молния») или Барух («благословенный»), потому что фонетический переход от «барух/барак» к «барахна» нехарактерен для русской народной речи.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Барахнин — сын Барахны. Это одна из древнейших моделей русских фамилий, типичная для территорий, где активно шло взаимодействие с тюркскими народами. Встречаются и однокоренные фамилии: Барахин, Барахов, Барашнин — но Барахнин сохранила редкий переход «к» в «х» (барак → Барахна), который мог возникнуть в южнорусских или украинских говорах. Точных данных о географии фамилии мало, но по косвенным признакам её носители чаще всего жили в Поволжье и на юге России — в зоне давних тюркско-славянских контактов.

Исходное прозвище Барахна, скорее всего, закрепилось за человеком ещё в XV–XVII веках, когда фамилии только складывались. Кем были предки? Скорее всего, служилыми людьми или крестьянами, получившими прозвище по внешности или характеру, а не по профессии. Никаких документальных подтверждений дворянского происхождения у этой фамилии нет — она бытовала в простонародной среде и лишь изредка попадала в письменные источники.