Фамилия Балахнин — типичный пример русской фамилии, образованной от прозвища с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Балахнин буквально означает «сын Балахны» или «человек из рода Балахны». Само прозвище Балахна, скорее всего, восходит к нарицательному «балахон» — просторной верхней одежде, известной на Руси с XVI века.

Однако значение прозвища не было однозначным. В разных говорах слово «балахна» обросло собственными смыслами. Во владимирских говорах так называли не в меру широкую одежду, балахон. Прозвище могли дать человеку, который носил мешковатую одежду или, в переносном смысле, был «разиней» и неряхой. В нижегородских же говорах «балахна» — это мера дров, которую принимали на варницах (солеварнях). Это даёт вторую, более конкретную версию: предок Балахниных мог работать на солеварне, принимать и измерять дрова. Солеварение было важным промыслом в Поволжье, и прозвище по профессиональной принадлежности — частый случай.

Таким образом, у фамилии Балахнин два правдоподобных корня: бытовой (от одежды или небрежного характера) и профессиональный (от меры дров на варнице). Какая из версий верна для конкретной семьи — вопрос генеалогического исследования, но обе они укладываются в логику русских прозвищ. Встречается фамилия в основном в центральных и поволжских областях России, что подтверждает её связь с местными говорами и промыслами.