Фамилия Балахничев — это отчество второго порядка: она буквально означает «сын Балахнича», то есть внук (или потомок) человека по прозвищу Балахна. Суффикс «-ев» (в варианте «-ёв» под ударением) указывает на принадлежность, а основа «Балахнич» — это патроним (отчество), образованное от прозвища Балахна.

Откуда взялось это прозвище — вопрос, на который у исследователей нет однозначного ответа. Самая вероятная версия — топонимическая. Балахна — старинный город в Нижегородской области на Волге, основанный в 1474 году. В 1552 году его посещал Иван Грозный. Если предок носителя фамилии был родом из этих мест или долго там жил, его могли прозвать Балахной, а его сын становился Балахничем. Такие «географические» прозвища были распространены: они заменяли человеку фамилию, указывая на его малую родину.

Вторая версия отталкивается от нарицательного значения слова «балахна». В русских говорах у него несколько значений: 1) единица меры дров (связка, вязанка), 2) разиня, нерасторопный человек, 3) небрежно распахнутая одежда, «распущенные ворота» (отсюда же и слово «балахон»). Если следовать этой логике, прозвище могло указывать на род занятий (дровосек, торговец дровами или, натянуто, портной) или на особенности характера — невнимательность, неаккуратность.

Стоит заметить, что фамилия пишется через «е» — Балахничев, а не Балахничёв, хотя ударение, скорее всего, падает на второй слог: Балахни́чев. В дореволюционных документах написание через «ё» было необязательным, поэтому современная форма закрепилась в «е». Эта фамилия — не дворянская, а крестьянская или мещанская: суффикс «-ев» в сочетании с патронимом на «-ич» — типичная модель для непривилегированных сословий, в отличие от фамилий на «-ский», которые чаще носили дворяне. Родственных фамилий, образованных от того же корня, немало: Балахнин, Балахонов, Балахничев — все они восходят к одному смысловому гнезду, но разошлись по разным ветвям и регионам.