Фамилия Балахнина образована от прозвища Балахна, которое восходит к аналогичному топониму. Балахна — это город в Нижегородской области России, административный центр Балахнинского района. Город расположен на правом берегу реки Волги, в 34 км от Нижнего Новгорода. Город основан в 1474 году под названием Соль-на-Городце. После того, как казанский хан сравнял его с землёй в 1536 году, была сооружена деревянная крепость для защиты от татарских набегов. В Средние века город являлся значительным центром соляной промышленности, административным центром Балахнинского уезда. Балахна — родина Кузьмы Минина, организатора Нижегородского ополчения 1611—1612 годов. По пути из Нижнего Новгорода в Ярославль ополчение прошло через Балахну, в добровольно-принудительном порядке собрав с жителей средства на организацию ополчения. Вероятно, основатель рода Балахниных был уроженцем этого города, либо долгое время проживал в нем.