Фамилия Балахнева женского рода, её основа — мужская форма Балахнев. В центре внимания — прозвище Балахон, от которого фамилия и образована. Прозвище связывают с существительным «балахон»: старинная крестьянская верхняя одежда свободного покроя из холста или парусины. Такая вещь была повседневной, поэтому прозвище могло указывать на социальное положение — предок был крестьянином. Однако прозвище на -он (Балахон) нередко давали по внешним или поведенческим чертам: Балахоном могли называть дровосека, который носил просторную рабочую одежду, либо невнимательного, рассеянного человека — того, кто «ходит как в балахоне», не замечая вокруг себя.

Фамилия Балахнева образована по модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ев, который присоединяли к основам на шипящий или мягкий согласный. В данном случае исходная форма — Балахон, но в основе фамилии лежит не прямая, а патронимическая форма: Балахнев значит «сын Балахна» или «потомок Балахона». Чередование «о/а» в корне (Балахон → Балахнев) — следствие исторической редукции гласных в безударной позиции, что характерно для русских фамилий, зафиксированных на письме в XVI–XVII веках.

Есть и альтернативная версия, которую стоит учитывать: прозвище Балахон могло произойти от топонима Балахна — города в Нижегородской области на Волге. В этом случае предок был выходцем из Балахны или его прозвали по месту жительства. Версия менее вероятна для фамилии с суффиксом -ев, так как топонимические фамилии чаще оформлялись суффиксом -ский (Балахнинский), но полностью исключать её нельзя: в говорах Поволжья формы на -ев могли вытеснять более книжные варианты.

Таким образом, фамилия Балахнева восходит к прозвищу, связанному с одеждой, родом занятий или местом происхождения. Суффикс -ев указывает на русское патронимическое происхождение, а чередование в корне — на устную традицию бытования фамилии до её письменной фиксации.