Фамилия Бардайкина — женская форма фамилии Бардайкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Бардайка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Бардайкин, то есть сын или потомок Бардайки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а, -я.

Корень «бард-» в русских говорах многозначен. В словаре Владимира Даля «барда» — это гуща, остатки от перегонки браги, барда. Соответственно, Бардайкой могли прозвать человека, который варил пиво или брагу, либо того, кто любил выпить. Однако есть и другая версия: в некоторых диалектах «барда» означала «грязь, слякоть», а «бардай» — неряшливый, неопрятный человек. Оба значения возможны, но первое — ремесленное — выглядит более убедительным, так как прозвища по роду занятий встречаются чаще, чем по случайным бытовым чертам.

География фамилии неширокая. Бардайкины встречаются преимущественно в центральных и южных областях России — в Воронежской, Липецкой, Ростовской областях. Это косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами, где слово «барда» было в ходу. В северных регионах фамилия почти не зафиксирована.

Редкий суффикс -айк- в основе выделяет фамилию среди более частых Бардов, Бардиных и Бардыкиных. Он придаёт прозвищу уменьшительно-пренебрежительный оттенок, что было характерно для простонародной среды: так могли называть не только взрослого, но и подростка, помогавшего в пивоварне. Таким образом, носитель фамилии Бардайкин, скорее всего, происходил из семьи мелких ремесленников или крестьян, занятых приготовлением хмельных напитков.