Фамилия Бархудакян — армянская, и чтобы её понять, нужно сразу смотреть на окончание. Типичный армянский суффикс -ян (в старой орфографии -янц) означает принадлежность к роду или происхождение: «из дома такого-то», «потомок такого-то». Основа же — Бархудак — восходит к личному имени или прозвищу. Само имя Бархудак, скорее всего, является уменьшительной или ласкательной формой от Бархудар (или Бархудатр), что в переводе с армянского означает «имеющий много даров» или «богатый дарами». Корень «барх» или «парх» связан с понятием дара, приношения, благодати. Таким образом, Бархудакян — это потомок того, кого звали Бархудак, то есть «маленький даритель» или «щедрый».

Интересно, что в армянской ономастике фамилии на -ян редко указывают на профессию напрямую. Здесь мы имеем дело с личным прозвищем, которое могло закрепиться за человеком щедрым, гостеприимным или, напротив, получившим такое имя при крещении или в качестве благопожелательного. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто привязаны к ремеслу или отцу, армянские фамилии на -ян более универсальны: они просто говорят: «мы из рода такого-то». Поэтому предки носителя фамилии Бархудакян могли быть кем угодно — от крестьянина до купца, но родовое имя им дал человек с примечательным прозвищем.

Географически фамилия распространена среди армян, особенно из Западной Армении (исторические области, ныне на востоке Турции), а также среди армянской диаспоры. Встречаются варианты написания: Бархудакян, реже Бархудакянц — более старая форма, сохранившая окончание родительного падежа множественного числа. Если сравнивать с однокоренными, то есть фамилия Бархударян, образованная от полной формы имени, и Бархудакян — от уменьшительной. Эта деталь — уменьшительный суффикс -ак — как раз и делает фамилию необычной: она звучит не как «сын Бархудара», а как «сын маленького Бархудара» или «сын Бархудака», что придаёт ей оттенок теплоты или, возможно, указывало на младшего в роду.

Никаких достоверных сведений о дворянском происхождении или принадлежности к определённому сословию для этой фамилии нет. Как и большинство армянских фамилий, оформившихся в XIX веке, она бытовала в среде простого народа. Спорных версий происхождения тоже мало: корень прозрачен, и альтернативные толкования (например, от тюркского «бархут» — бархат) маловероятны, так как армянская основа «барх» хорошо документирована.