Фамилия Башаханова — женская форма, а её мужской вариант — Башаханов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу. Скорее всего, в её основе лежит тюркское имя или прозвище Башахан. Первая часть «Баша» в тюркских языках означает «голова», «главный», «старший» (ср. башлык, башкортостан). Вторая часть «хан» — титул верховного правителя. Таким образом, имя Башахан можно перевести как «главный хан», «старший хан» или «предводитель». Это составное имя, типичное для народов, где сохранялась традиция давать ребёнку имя с пожеланием власти и лидерства.

Фамилия образована по распространённой модели: к основе Башахан добавили русский патронимический суффикс -ов/-ев, который указывает на принадлежность («чей?» — Башаханов). Суффикс -а как окончание женского рода — явление позднее, когда фамилии стали склоняться по родам. То есть носительница фамилии — потомок человека по имени Башахан.

Географически фамилия Башаханова должна встречаться в регионах, где сильно влияние тюркских языков: на Северном Кавказе (особенно в Дагестане, Чечне, Ингушетии), в Татарстане, Башкортостане, а также в среде казахов и узбеков. В русских документах фамилия могла появиться при переписях населения в XIX — начале XX века, когда оседлым народам присваивали фамилии по отцу.

Интересная особенность — написание через «а» после «ш». В некоторых тюркских языках имя могло звучать как «Башхан» (без соединительной гласной), но в русской записи добавилась «а» для плавности произношения. Версия о происхождении от персидского «баша» («хороший») или арабского «башара» («человек») менее вероятна: сочетание с «хан» указывает именно на тюркскую и монгольскую традицию титулов. Предки носительницы фамилии, скорее всего, были людьми уважаемыми — старейшинами, военачальниками или мелкими правителями в своём роду.