Фамилия Бабаханов образована от восточного мужского личного имени Бабахан, которое является составным и восходит к двум тюркским словам: «баба» и «хан». Первая часть имени - «баба-» - в переводе на русский язык означает «отец, батюшка». Первоначально «хан» обозначал вождя племени (например, у кочевников Ирана и Афганистана).