Фамилия Бабаханова происходит от восточного мужского имени Бабахан. Это составное имя, которое склеилось из двух арабских корней. Первая часть, «баба», означает «отец» или «дед». Вторая — «хан», древний титул, который первоначально носили вожди племён, особенно у кочевников Ирана и Афганистана. Таким образом, имя Бабахан можно расшифровать как «отец-хан» или «дед-хан» — почётное прозвище, подчёркивающее уважение к старшему в роду, которого величали наравне с правителем.

Фамилия образована по русской модели: к основе Бабахан добавили типичный для фамилий суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Такое оформление говорит о том, что фамилия закрепилась в документах уже после того, как носители вошли в состав Российской империи или оказались в среде русского делопроизводства. Судя по структуре, фамилия могла возникнуть в среде тюркских или кавказских народов, где имя Бабахан было распространено, а позже была русифицирована.

Процесс формирования фамилий у восточных народов шёл неравномерно, поэтому точно определить, когда и где именно появился род Бабахановых, можно только через генеалогические изыскания. В отличие от крестьянских фамилий центральной России, которые массово фиксировали в XIX веке, фамилии на -ов от имён типа Бабахан могли закрепиться и раньше — у знатных или служилых людей, и позже — при переписях населения. Без архивных записей остаётся лишь предполагать, что предок носителя фамилии был человеком уважаемым, возможно, старейшиной или мелким правителем, которого в быту и прозвали «Бабахан».