Фамилия Бабаханова образована от восточного мужского имени Бабахан, которое является составным и восходит к двум арабским словам: «баба» и «хан». «Баба» в переводе на русский язык означает «отец, дед». Первоначально «хан» обозначал вождя племени (например, у кочевников Ирана и Афганистана). Процесс формирования фамилий был достаточно длительным,поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Бабахановых можно лишь на основании генеалогических исследований.