Фамилия Бабаханян — типичная армянская фамилия, образованная по модели «личное имя + патронимический суффикс -ян». Суффикс -ян (в древности -янц) означает принадлежность к роду, то есть «потомок такого-то». В данном случае основа — восточное мужское имя Бабахан, сложенное из двух тюркских корней. Первый, «баба», переводится как «отец, батюшка» — почтительное обращение к старшему, часто использовавшееся как компонент имени. Второй, «хан», — древний тюркский титул, первоначально обозначавший вождя племени (у кочевников Ирана и Афганистана), а со временем ставший распространённой именной частицей, подчёркивающей знатность или уважение. Таким образом, имя Бабахан могло означать «отец-хан» или «почтенный, как хан».

В армянской ономастике тюркские и персидские заимствования не редкость — они проникали в имена через многовековые контакты с соседними народами, особенно в период владычества Османской империи и Сефевидского Ирана. Фамилия Бабаханян, скорее всего, закрепилась за родом, основатель которого носил это составное имя. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, армянский суффикс -ян не указывает на сословную принадлежность: носителями Бабаханян могли быть и ремесленники, и торговцы, и духовные лица. Географически фамилия распространена в среде армянской диаспоры, особенно в регионах исторической Западной Армении (ныне восток Турции) и среди армян, переселившихся в Россию, Грузию и Иран.