Фамилия Бабаханянц — яркий пример того, как армянская патронимическая система вписалась в русскую языковую среду. В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Бабахан, которое, в свою очередь, состоит из двух частей: «баба» (в тюркских языках — «отец», «дед», «почтенный старец», иногда «святой») и «хан» (титул правителя). Таким образом, имя Бабахан можно перевести как «почтенный, уважаемый господин» или «старший хан». Это сложносоставное имя было распространено среди народов Закавказья и Ближнего Востока, где тюркские и персидские элементы смешивались с местными традициями.

Ключевая особенность фамилии — суффикс «-янц». В армянском языке это окончание родительного падежа множественного числа, которое в русском языке закрепилось как фамильный формант. «Бабаханянц» буквально означает «из рода Бабаханов», то есть потомок человека по имени Бабахан. Этот суффикс характерен для армянских фамилий, сформировавшихся в среде донских и кубанских армян (так называемых «черкесогаев»), а также в некоторых регионах Восточной Армении. В отличие от более распространенного в современной Армении суффикса «-ян» (Бабаханян), форма «-янц» указывает на более архаичный пласт и часто сохраняется у фамилий, которые долгое время бытовали в русскоязычной среде.

Носители фамилии Бабаханянц, скорее всего, происходят из тех армянских общин, которые переселились на Кубань, Дон или в Крым в XVIII–XIX веках. Предок, получивший прозвище Бабахан, мог быть не только уважаемым старейшиной, но и человеком, имевшим отношение к торговле или духовенству. Сама фамилия не несет указания на ремесло или сословие — она чисто родовая, указывающая на авторитет основателя рода. Из-за редкого окончания «-янц» фамилия легко отличима от более массовых армянских фамилий на «-ов» или «-ян», что делает её своеобразным маркером миграционной истории семьи.