Фамилия Башбаков — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — основа «Башбак». Это не тюркское слово, а, скорее всего, сложносоставное имя или прозвище, где первая часть «баш» (с тюркских языков — «голова», «главный»), а вторая — «бак» (от тюркского «bak» — «смотри», или как часть личного имени Бакты/Бакыт, что значит «счастье»). Таким образом, Башбак могло означать «главный смотритель» или «старшее счастье» — типичная для кочевых народов модель именования, где к титулу или примете добавляли пожелание.

Однако стоит присмотреться к суффиксу. Фамилия образована с помощью русского патронимического суффикса -ов, что указывает на то, что предок носителя фамилии был крещён или вошёл в русскую среду, а его отца звали Башбак. В русских документах XVI–XVII веков фамилии с основой «Баш-» часто фиксировались среди служилых татар, касимовских мурз и выходцев из Казанского ханства. Поэтому Башбаковы, вероятнее всего, происходят из среды тюркской знати или служилых людей, перешедших на русскую службу и получивших поместья.

Существует и менее вероятная, но возможная версия: прозвище Башбак могло быть искажением слова «башмак» (обувь) в говорах, где «ш» заменялось на «б». Но для этого нет устойчивых диалектных свидетельств, а тюркская версия объясняет форму фамилии гораздо логичнее.

Географически Башбаковы встречаются в Поволжье (Татарстан, Башкортостан) и в южных областях России, что подтверждает их связь с тюркским миром. Сословно, скорее всего, это были однодворцы или мелкопоместные дворяне, реже — государственные крестьяне. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носители — потомки относительно небольшой родовой группы.