Фамилия Баткунова образована от названия города Баткун, расположенного на юге Болгарии, в центральной части Горнотракийской низменности, севернее Родоп, на реке Марица, в 110 км от Софии и 36 км от второго по величине города страны – Пловдива. Вполне возможно, основатель рода Баткуновых родился и жил в этих местах. Не исключено также, что фамилия происходит от старого болгарского имени Баткун, которое восходит к словам «бате, батко», что переводится на русский язык как «старший брат».