Фамилия Баткунов — редкий случай, когда неочевидная основа с большой вероятностью восходит не к русскому, а к тюркскому имени. Суффикс -ов указывает на стандартную модель русской фамилии (чей? — сын Баткуна), но само имя Баткун в славянском именослове не встречается. Зато в тюркских языках, особенно в татарском, башкирском и казахском, есть мужское имя Баткун (варианты — Баткан, Баткын), которое образовано от глагола со значением «погружаться», «тонуть» или «опускаться». В переносном смысле такое имя могли дать ребёнку, родившемуся в трудный час, или как оберег — чтобы зло «утонуло», не коснулось.

Менее вероятная, но допустимая версия — прозвище от диалектного слова «баткун» (или «баткун» в значении «утка-нырок»). В этом случае прозвище мог получить охотник или человек, который, подобно нырку, хорошо плавал или нырял. Однако основа на -ун в русских прозвищах чаще даёт фамилии на -ин (Баткунин), а не на -ов, что делает тюркскую версию более убедительной.

Географически фамилия Баткунов тяготеет к регионам со смешанным русско-тюркским населением: её носители встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области и в Западной Сибири. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её относительно позднем закреплении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьяне и казаки из тюркской среды получали фамилии по отцу. Социальный корень, таким образом, не дворянский и не купеческий, а крестьянско-казачий.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Батканов, Баткынов — показывает, что все они восходят к одному имени-основе, но различаются фонетической адаптацией в русской записи. Баткунов — самый русифицированный вариант, где тюркский гласный «ы» заменён на «у», привычный для русского уха. В советских паспортных столах такие замены были нормой.