Фамилия Балкунов — редкий случай, когда разбор лучше начинать не с корня, а с суффикса, потому что он сразу сужает круг поиска. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Балкунов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Балкун. А вот с самим прозвищем всё не так прозрачно.

Самая вероятная версия отсылает к диалектному глаголу «балкать» или «балковать», который в ряде говоров (особенно южнорусских и уральских) означал «говорить громко, шуметь, пустословить» или даже «балагурить». Соответственно, Балкун — это говорун, балагур, любитель поболтать. В этом случае прозвище давали человеку с живым, общительным нравом, и фамилия образовалась от его характерной черты. Подтверждается эта версия и тем, что в ономастике известен ряд однокоренных фамилий: Балков, Балкин, Балканов, — все они восходят к тому же корню.

Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза связывает основу с тюркским словом «балка» — «глина» или «болото». В таком случае Балкун могло быть прозвищем человека, жившего у болотистой местности, либо связанного с добычей или обработкой глины (например, гончара). Однако эта версия слабее, потому что суффикс -ун в русском языке чаще образует имена деятеля от глаголов («говорун», «бегун»), чем от существительных.

Географически фамилия Балкунов встречается нечасто, но прослеживается в центральных областях России и на Урале. В XIX веке носители этой фамилии фиксировались в основном среди крестьян и мещан, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от канонических имён. Дворянских родов с такой фамилией не отмечено. Таким образом, предок-родоначальник, скорее всего, был простым человеком, за которым закрепилось прозвище за его весёлый нрав или любовь к разговорам.