Фамилия Болкунов образована от прозвища Болкун, и её значение напрямую зависит от того, в какой среде это прозвище возникло. Самая очевидная версия связывает корень с глаголом «болкать» — болтать, говорить невпопад. Тогда Болкун — это говорун или человек, который мог сморозить глупость. Однако в оренбургских говорах слово «болкун» имело совсем другое значение — так называли упряжку волов. Разведение и продажа волов, а тем более владение собственной упряжкой, считалось делом прибыльным. Болкуном могли прозвать либо зажиточного крестьянина, который пахал на волах, либо торговца скотом. В этом случае фамилия косвенно указывает на достаток основателя рода.

Словообразовательная модель проста: основа Болкун плюс типичный русский суффикс -ов, означающий принадлежность («чей?»). То есть Болкунов — сын или потомок Болкуна. Само прозвище образовано с помощью продуктивного суффикса -ун, который в русском языке часто даёт названия людей по характерному действию или свойству (говорун, бегун, крикун). Интересно, что в одном слове сошлись два совершенно разных значения — болтливость и хозяйственная деятельность, и понять, какое из них было первичным для конкретного человека, уже невозможно.

Одно из самых ранних упоминаний фамилии находим в «Ономастиконе» Степана Веселовского: записан Болкунов Макарий, троицкий слуга, 1618 год. Это начало XVII века — время, когда фамилии на Руси только закреплялись, и запись в документах указывает на то, что прозвище уже перешло в наследственное именование.