Фамилия Болкуновы принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от личного прозвища. Основа — прозвище Болкун, и у него есть как минимум два объяснения, и оба по-своему убедительны.

Первое отсылает к глаголу «болкать» — болтать, говорить невпопад. В этом случае Болкуном называли человека общительного, разговорчивого, возможно, слишком болтливого. Вторая версия связана с оренбургскими говорами, где «болкун» — это упряжка волов. Прозвище мог получить тот, кто разводил или продавал этих животных, либо крестьянин, пахавший на волах. В старину владение несколькими волами считалось признаком достатка, так что фамилия может косвенно указывать на зажиточность основателя рода.

Самое раннее известное упоминание фамилии относится к первой половине XVII века. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского записан Болкунов Макарий, троицкий слуга, 1618 год. Эта дата показывает, что фамилия уже бытовала в центральных русских землях в эпоху, когда фамилии только закреплялись за крестьянскими и служилыми родами. Точное место возникновения назвать сложно — процесс формирования фамилий шёл долго и параллельно в разных областях, но ясно, что фамилия Болкуновы — один из памятников русской ономастики, несущий в себе следы и бытовой речи, и хозяйственного уклада предков.