Фамилия Болкуненко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, означающий «сын» или «потомок», в XVII–XVIII веках массово закрепился в казацкой среде Левобережной и Слободской Украины, а позже распространился на южные губернии Российской империи. Поэтому первое, что можно сказать о предках Болкуненко: они, скорее всего, происходили из украинских или южнорусских земель и принадлежали к свободным сословиям — казакам, мещанам или государственным крестьянам, а не к крепостным, у которых фамилии часто появлялись позже и по другой схеме.

Основа фамилии — «Болкун». В русских и украинских говорах слово «болкун» или «болкун» имеет несколько значений. Самое вероятное — это прозвище болтливого человека, от глагола «болкать» (говорить, болтать). В словаре Владимира Даля «болкун» — говорун, пустомеля. Такие прозвища по особенностям характера давали часто и охотно: они были понятны, метки и легко превращались в фамилии. Менее распространённое значение — «болкун» как нечто гремящее, стучащее (например, подвеска на шее скотины), но для прозвища человека это значение маловероятно. Также существует гипотеза, что «Болкун» — это вариант фамилии «Болконский» в простонародном произношении, но она не выдерживает критики: фамилии на -енко образуются от прозвищ, а не от дворянских родовых имён.

Если же обратиться к украинскому контексту, то там слово «болкун» могло означать и «волынщик» (от «болка» — вид музыкального инструмента), и «глупец» (в некоторых диалектах). Но самая правдоподобная версия — прозвище разговорчивого, словоохотливого человека. Первый носитель, родоначальник фамилии, получил его, видимо, за привычку много говорить или за профессию, связанную с речью (глашатай, балагур, скоморох).

Фамилия Болкуненко — редкая. Её не встретишь в списках массовых дворянских или купеческих родов. Она бытует в основном на юге России и в восточных областях Украины, что подтверждает её позднее закрепление в среде казачества и однодворцев. Судя по окончанию, это «патронимическая» фамилия: Болкуненко — буквально «сын Болкуна». Со временем прозвище отца стало родовым именем, и сейчас оно несёт в себе память о предке, который отличался живым нравом и острым языком.