Фамилия Болкунец звучит необычно, и её происхождение стоит искать не в нарицательном существительном, а в прозвище. В русском языке слово «болкун» или «болкуша» — диалектное, означающее «говорун», «болтун», «пустомеля». Человек, получивший такое прозвище, вероятно, был разговорчивым, любил поболтать или рассказывать небылицы. Фамилия образована от этого прозвища с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ец. Такая модель (основа + -ец) типична для украинской и белорусской ономастики, где она часто указывала на молодого человека или сына: Болкунец — буквально «сын Болкуна» или «маленький Болкун». Это сближает фамилию с такими, как Хитрунец, Говорунец, Скоробогатец.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям. Наиболее высокая концентрация носителей фиксируется в Брестской области Беларуси, а также в приграничных районах Украины (Волынь, Ровенщина) и в западных областях России (Псковская, Смоленская). Это подтверждает, что корень «болк-» в значении «болтовня» — живой диалектизм именно этих территорий. В центральной России чаще встречалась бы форма Болкунов, а здесь суффикс -ец выдает юго-западное происхождение.

В польском языке есть слово «bełkotać» (бормотать, лепетать), что может указывать на возможное польское или белорусское влияние на звучание прозвища. Однако основа «болк-» в русских говорах встречается самостоятельно, без заимствования. Есть и другая, менее вероятная версия: связь с глаголом «болкать» (в некоторых говорах — «стучать», «колотить»). Тогда прозвище мог получить шумный, стучащий человек — например, кузнец или бондарь. Но первое значение — «говорун» — поддерживается большим количеством однокоренных фамилий (Болтунов, Балаболкин, Болкун) и потому выглядит убедительнее.

Сословного барьера фамилия не имела. Болкунцами могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки. В ревизских сказках XIX века по Могилёвской губернии встречаются записи о крестьянах Болкунцах, а в метрических книгах Волынской губернии — о мещанах. В советское время фамилия не переделывалась и не русифицировалась, сохранив свою характерную форму.