Фамилия Балкунова — женская форма, а её основа — мужское прозвище или имя Балкун. Споры о происхождении этого слова не утихают, и лингвисты предлагают как минимум две версии, каждая из которых ведёт в разные эпохи и культуры.

Первая версия ведёт в тюркский мир. Имя Балкун могло произойти от татарского глагола «балку» — «сиять, светить, излучать свет». В таком случае перед нами не прозвище, а пожелательное имя: родители называли сына Балкуном, желая ему расти жизнерадостным и весёлым человеком, который будет «светиться» изнутри.

Вторая версия опирается на славянскую бытовую лексику. Прозвище Балкун могли дать человеку, так или иначе связанному с балконом. Слово «балкон» пришло в русский язык из позднелатинского (balcus — «балка») через итальянское посредничество и означает площадку с ограждением на верхних этажах. На Руси балконы любили издавна, даже в скромных домах. Этнографы, изучавшие народное деревянное зодчество, отмечают, что у зажиточных хозяев балкон мог идти вдоль всей стены или даже по периметру дома — это хорошо видно в музее деревянного зодчества «Малые Корелы» под Архангельском. Поэтому прозвище Балкун мог получить либо владелец дома с заметным балконом, либо мастер-строитель, который такие балконы делал.

Обе версии имеют право на существование, и без точной географии бытования фамилии выбрать главную сложно. Однако вторая — прозвищная — кажется более вероятной для русской фамильной модели: прозвища по архитектурной детали дома или по профессии давали часто, а тюркские имена в центральной России встречались реже.

Документы подтверждают, что фамилия (в мужской и женской форме) бытовала в Поволжье и Черноземье. В Книге памяти Саратовской области упоминается Балкунов Иван Григорьевич, 1912 года рождения, из села Малое Щербедино Романовского района. В Тамбовской области зафиксирована Балкунова Анна Давыдовна, 1882 года рождения, из деревни Липяги Гавриловского района. Оба населённых пункта находятся в зоне, где исторически смешивались русское и тюркское население, что не противоречит ни одной из версий происхождения фамилии.

Фамилия образована по стандартной русской модели: основа Балкун + суффикс -ов (в мужском варианте) и окончание -а (в женском). Это типичная «патронимическая» или «прозвищная» фамилия, отвечающая на вопрос «чей?»: сын, дочь или потомок Балкуна.