Фамилия Батонкины — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, имеет чёткую дату появления в русском языке. Слово «батон» вошло в обиход в XVIII веке, будучи заимствованным из французского «bâton» (палка), которое восходит к латинскому «bastum». Таким образом, фамилия не могла возникнуть раньше этого времени, что отличает её от многих более древних родовых имён.

Основа фамилии — прозвище Батонка. Скорее всего, его дали булочнику или хлебопеку, который выпекал хлеб вытянутой формы. Однако не стоит сбрасывать со счетов и чисто внешнюю характеристику: в народе «батоном» могли в шутку называть высокого и худощавого человека, намекая на сходство с длинным батоном хлеба. Какая из версий верна для конкретного рода, сегодня установить уже невозможно.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Батонкин — это «сын Батонки» или «человек из рода Батонкиных». По этой же модели образованы, например, фамилии Пушкин (от Пушка) или Ильин (от Илья). Важно заметить, что форма множественного числа — Батонкины — часто встречается в документах, когда речь идёт о целой семье или династии.

Как и многие профессиональные прозвища, фамилия не привязана к одной местности. Хлебопечение было делом повсеместным, поэтому Батонкины могли появиться и в северных, и в южных губерниях. Единственное, что можно сказать с уверенностью: это чисто русская фамилия, сформировавшаяся в тот период, когда французское слово уже прочно освоилось в народной речи.