Фамилия Батонкин — одна из тех, что прямо указывает на занятие или внешность предка. В её основе лежит прозвище Батонка, а оно, в свою очередь, восходит к слову «батон». Это слово — «хлеб вытянутой формы» — пришло к нам в XVIII веке из французского языка, где «baton» означает «палка» и восходит к латинскому «bastum» с тем же значением.

Чаще всего такие прозвища давали по профессии. Вполне вероятно, что основатель рода Батонкиных был хлебопекарем или булочником, и односельчане прозвали его по главному продукту, который он выпекал. Однако не стоит сбрасывать со счетов и чисто внешний признак: в народе «батоном» могли в шутку назвать высокого и худого человека, намекая на его фигуру, похожую на длинный батон.

Модель образования фамилии проста и типична для русской ономастики: к основе «Батонк-» добавился патронимический суффикс «-ин». В говорах уменьшительная форма «Батонка» (через суффикс «-к-») закрепилась как личное прозвище, а затем, при оформлении фамилий у крестьян и мещан в XIX веке, она перешла в фамилию, отвечающую на вопрос «чей?» — «сын Батонки».

Фамилия редкая и не имеет широкой географии. Она не встречается в дворянских родословных книгах, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Интересно, что в отличие от более распространённой фамилии Батонов (с суффиксом «-ов»), форма на «-кин» характерна для северных и центральных губерний России, где был активен «живой» суффикс «-ка» в прозвищах.