Фамилия Баумуратов — редкий пример, где русская словообразовательная модель наложилась на тюркское имя. Её основа — составное мужское имя Баумурат, распространённое у туркмен, казахов, узбеков и каракалпаков. Первая часть «бау» восходит к тюркскому «бай» (богатый, знатный) или «бау» (связь, узел, верёвка); вторая — «мурат» (цель, желание, от арабского «мурад»). В сумме имя можно перевести как «богатая цель», «желанное богатство» или «узы желания» — в зависимости от локального произношения и диалекта.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлена по русскому патронимическому образцу: «чей?» — Баумуратов, то есть потомок Баумурата. Такая модель массово закреплялась за тюркскими народами в XIX–XX веках при ведении метрических записей и переписей населения Российской империи, особенно в Туркестанском крае и среди казахов Младшего и Среднего жузов. Если предки носили фамилию Баумуратов, они, скорее всего, происходили из оседлых или полукочевых семей Средней Азии, принявших русскую форму фамилии при документальном оформлении.

Интересная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий на -ов, здесь нет редукции гласных — имя Баумурат сохранилось в полном виде. Это говорит о том, что фамилию записывали со слов носителя, а не через канцелярское переосмысление. Встречаются варианты написания Баймуратов, Баимуратов — они отражают ту же основу, но с другим произношением первой части. Баумуратов — более редкая и локальная форма, закреплённая в конкретной семье или роде.

Сословного барьера фамилия не несёт: её могли получить как рядовые скотоводы и земледельцы, так и представители аульной знати, если имя Баумурат было дано в честь уважаемого предка. В современной России фамилия встречается единично, чаще — в Казахстане и Туркменистане, где сохранилась как память о родоначальнике, чьё имя стало родовым знаком.