Фамилия Баутрель — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а западноевропейское слово, но сама фамилия при этом могла сформироваться уже на русской почве. Скорее всего, это вариант фамилии Баутрель, восходящей к французскому boutreuil — так в средневековой Франции называли виночерпия, придворного, отвечавшего за разлив и подачу вина. Слово это, в свою очередь, происходит от старофранцузского bouteille (бутыль, бутылка) с уменьшительным суффиксом. В Россию подобные фамилии могли попасть с волнами французских эмигрантов — гугенотов, бежавших от религиозных преследований в XVII–XVIII веках, или позже, после революции 1789 года, когда в России служило много французских офицеров и аристократов.

Однако есть и более прозаичная версия, не связанная с дворянским винопитием. В некоторых говорах русского Севера и Сибири бытовало слово «баутра» или «баутрить» — болтать, пустословить, нести чушь. Человека, который много и бестолково говорит, могли прозвать Баутрой или Баутрелем. Суффикс -ель в этом случае образует прозвище по действию (сравните: «вертеть» — вертель, «кропать» — кропатель). Такая модель встречается в северных и центральных областях России, но крайне редко, что делает фамилию уникальной по происхождению.

Третий вариант — искусственное происхождение. В XIX веке, при выдаче паспортов или при переписи, писарь мог неточно записать фамилию, услышанную от носителя польского, белорусского или украинского говора. Например, польское Bałtruć (от литовского baltas — белый) или белорусское Баўтручонок (сын Балтрука, аналог Бартоломея) при записи могло превратиться в Баутрель из-за схожести звучания и желания писаря сделать фамилию «благородной» на французский манер. Такая «галлицизация» фамилий была модной в среде мелкопоместного дворянства и разночинцев.

Какую бы версию ни выбрать, ясно, что фамилия Баутрель не крестьянская и не массовая. Её носители, скорее всего, принадлежали к служилому сословию, обрусевшим иностранцам или городским жителям, чьи предки получили фамилию по прозвищу или профессии. Встретить её можно в единичных случаях в центральных губерниях и в Петербурге.