Фамилия Баяхатов — редкая, и её разбор требует внимания к корню. Основа «Баях» или «Баяха» с большой вероятностью восходит к тюркскому или арабскому имени, адаптированному в русской среде через суффикс -ат и фамильный формант -ов.

Самый прямой путь — от личного имени Баях, которое могло быть вариантом имени Баязит (от арабского «превосходящий, избранный») или сокращением от Баяхмет. В тюркских языках, особенно казахском и татарском, «бай» означает «богатый, господин», а «ях» или «ах» — часто междометие или часть имени, связанная с восклицанием. Таким образом, Баяхат можно перевести как «богатый и славный» или «господин, возвышенный». Суффикс -ат в основе фамилии — нестандартный для русской модели; он указывает на то, что фамилия образована от полного имени, а не от прозвища или профессии. Обычно такие суффиксы встречаются у фамилий, произошедших от арабских или персидских имён с окончанием на -ат (например, Ахматов, Сафатов).

Географически фамилия Баяхатов тяготеет к регионам с компактным проживанием татар, башкир или казахов — Оренбургская область, Татарстан, Башкортостан, а также Астраханская область. В этих местах фамилия могла закрепиться у представителей служилых татар или казачьих сословий, где тюркские имена смешивались с русской фамильной системой. Встречается она и у казахов, где окончание -ов — результат русификации в XIX–XX веках.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с топонимом. В Казахстане есть село Баяхат, но оно, скорее всего, получило название от имени основателя, а не наоборот. Поэтому версия с личным именем остаётся основной.

Словообразовательная модель здесь проста: тюркское имя Баяхат (или Баях) плюс русский патронимический суффикс -ов, что значит «сын Баяхата». Фамилия не имеет дворянского или церковного происхождения — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, зафиксированная в поздний период формирования русских фамилий (конец XIX века). Носителей её немного, и в списках известных людей она не встречается.