Фамилия Байбаисова — редкий пример, где на стыке тюркского корня и русского суффикса образовалась форма, сразу выдающая географию предков. Основа «Байбаис» — составное имя или прозвище из казахского, башкирского или татарского языков. Первая часть «бай» означает «богатый», «господин», «хозяин»; вторая — «баис» — восходит к глаголу со значением «смотреть», «наблюдать» или к имени собственному (например, Байбаис — конкретное мужское имя у тюркских народов). В сумме имя могло означать «богатый смотритель», «господин-наблюдатель» или просто быть личным именем, данным в честь предка.

Суффикс «-ов» (в женской форме — «-ова») указывает на русскую модель образования фамилий: «чей?» — «Байбаисов», то есть потомок человека по имени Байбаис. Такие фамилии массово возникали у народов Поволжья, Приуралья и Казахстана при контактах с русской администрацией в XIX веке, когда крестьян и казахов записывали по отчеству или имени старшего в семье. Женская форма Байбаисова — не исходная, а производная от мужской: так в документах фиксировали жен замужем или дочерей.

Словообразовательная модель проста: тюркское имя + русский патронимический суффикс. Никаких редких суффиксов вроде «-ич» или «-ский» здесь нет, что типично для фамилий, возникших на окраинах Российской империи, где адаптация шла по самому распространённому шаблону.

Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и западному Казахстану. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Байбаисовы встречаются среди башкир-вотчинников и казахов Младшего жуза, которые вели полукочевой образ жизни. Род занятий предков скорее всего был связан со скотоводством или охраной скота — отсюда и возможное прозвище «смотрящий за богатством».

Единственная альтернативная версия — связь с топонимом Байбаис (название урочища или зимовки), от которого могли прозвать переселенца. Но это менее вероятно: фамилии от географических названий в тюркской среде обычно получали суффикс «-ский» или оставались без изменений, а не оформлялись через «-ов».

Фамилия недвусмысленно указывает на тюркские корни носителя, при этом её русское окончание — не признак ассимиляции, а бюрократическая форма, закреплённая в паспортах с советских времён.