Фамилия Байбуганов — одна из тех, что хранит память о географическом объекте, давшем прозвище предку. В её основе лежит тюркское прозвище Байбуган, которое, скорее всего, не было случайным, а указывало на место, где жил человек.

Самая распространённая версия связывает прозвище с азербайджанским словом, означающим «садовая гора». Действительно, на Кавказе существует гора Байбуган — высшая точка Магринского хребта. Житель селения у её подножия или на склоне легко мог получить такое прозвище. В пользу топонимического происхождения говорит и крымская река Байбуга — название тоже явно тюркское, хотя значение могло отличаться.

Фамилию образовали по русской модели — с помощью патронимического суффикса -ов. Он буквально отвечает на вопрос «чей?»: Байбуганов — «сын Байбугана», потомок человека, носившего прозвище по горе или реке. Такая схема типична для фамилий, возникших у тюркских народов после вхождения в состав Российской империи, когда к личному имени или прозвищу добавляли русский суффикс.

Встречаются также попытки разложить основу на тюркские компоненты: «бай» (богатый, знатный) и «буган» (бык, тур). Если это так, то прозвище могло означать «богатый бык» или «знатный, как бык» — метафора силы и состоятельности. Однако эта версия менее убедительна: конкретные географические названия Байбуган на Кавказе и в Крыму делают «топографическое» объяснение более правдоподобным.

Сам суффикс -ан в основе Байбуган — характерный тюркский аффикс, который может образовывать как имена, так и топонимы. Он не указывает на профессию или социальный статус, а лишь закрепляет слово как имя собственное или прозвище.

Фамилия редкая, её носители встречаются преимущественно в регионах Поволжья и на Южном Урале — там, где исторически смешивались тюркские и славянские фамильные традиции.