Фамилия Байбуганова образована от прозвища Байбуган, которое восходит к аналогичному азербайджанскому нарицательному, что в переводе на русский язык означает «садовая гора». Вероятно, таким прозвищем нарекли человека, который жил в населенном пункте, расположенном недалеко от горы. Гора Байбуган является высшей точкой Магринского хребта, расположенного на Кавказе. Также в Крыму есть река Байбуга.Таким образом, оно указывает на место жительства предка. Таким образом, потомок человека, которого звали Байбуган, со временем получил фамилию Байбуганов. Однако процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому точно определить время и место происхождения рода Байбугановых можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.