Фамилия Байбуганов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Байбуган. Фамилия Байбуганов образована от прозвища Байбуган, которое восходит к аналогичному азербайджанскому нарицательному, что в переводе на русский язык означает «садовая гора». Вероятно, таким прозвищем нарекли человека, который жил в населенном пункте, расположенном недалеко от горы. Таким образом, оно указывает на место жительства предка. О точном месте и времени возникновения фамилии Байбуганов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Однако бесспорным является тот факт, что фамилия Байбуганов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.