Фамилия Байдиков образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Байдик восходит к аналогичному нарицательному, которое представляет собой уменьшительную форму слов «бадаг», «батог», «бадик». Бадагом в некоторых русских диалектах называется палка, посох, трость, хворостина или же длинный хлыст для наказания. Таким образом, прозвище Байдик мог получить высокий и тонкий, то есть внешне похожий на палку, хворостину человек или тот, кто ходил с посохом. Однако это прозвище могло указывать на то, что основатель рода Байдиковых не гнушался применять телесные наказания. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Байдик, со временем получил фамилию Байдиков. О точном месте и времени возникновения фамилии Байдиков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Байдиков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.