Фамилия Байдуанова образована от мужской формы Байдуанов, а та, в свою очередь, — от тюркского имени Байдуан. Разберём эту основу по частям. Первая часть «бай» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «богатый», «господин», «хозяин». Это один из самых распространённых компонентов в восточных именах, указывающий на достаток или высокое положение. Вторая часть, «дуан», скорее всего, восходит к арабскому слову «диван» (через тюркское посредничество). В тюркских языках «дуан» или «диуан» означало «собрание», «совет», а также «суд» или «канцелярия». Таким образом, имя Байдуан могло означать «богатый совет» или «господин собрания», а в переносном смысле — «уважаемый судья» или «глава совета».

Фамилия закреплена в форме с суффиксом -ов, что указывает на русскую модель образования: Байдуанов — «сын Байдуана». Это типично для фамилий, которые возникли у тюркских народов, вошедших в состав Российской империи, или у русских, живших в смешанных регионах. Ареал фамилии Байдуанова — в первую очередь Оренбургская область, Башкортостан и Татарстан. В этих краях фамилия встречается с XIX века, что подтверждается метрическими книгами и ревизскими сказками.

Редкость фамилии в том, что основа «дуан» встречается значительно реже, чем, скажем, «бай» в сочетании с «тимер» (железо) или «булат» (сталь). Это делает фамилию Байдуанов не просто указанием на богатство, а на социальную роль — связь с административным или судебным управлением. Предок носителя этой фамилии, вероятно, был не просто зажиточным человеком, а занимал выборную или назначаемую должность в местном самоуправлении — например, старшиной или судьёй в ауле или волости.

Встречается и вариант написания через «о» — Байдоанов, но он менее распространён и часто является результатом ошибки в документах при записи на слух. Правильное ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Байдуано́ва, хотя в бытовой речи в русскоязычной среде его могут смещать на второй слог.