Фамилия Байгота — редкий случай, когда прозвище почти наверняка связано не с русским, а с тюркским миром. В основе лежит слово «байга» — так у казахов и других тюркских народов назывались конные состязания, скачки. Человек, получивший прозвище Байгота, скорее всего, был лихим наездником, которому не было равных в джигитовке. Скачки в степи — событие, где определялись лучшие, и прозвище, данное победителю или неутомимому всаднику, легко закреплялось за ним и его потомками.

Есть и другая версия, хотя она менее убедительна. Она отталкивается от диалектного слова «байгуш» — так в некоторых областях называли обнищавшего кочевника, «нищего из инородцев», а также отдаленный хуторок. Если принять эту гипотезу, прозвище могло указывать на бедность предка, его национальность или на то, что жил он в глухом, отдаленном месте. Однако связь со скачками («байга») кажется более естественной и распространенной для прозвищ: конные состязания давали яркую, запоминающуюся характеристику человеку.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Байгот- добавлен суффикс -а, который в русских фамилиях чаще всего указывает на украинское или белорусское происхождение (сравните: Голота, Сирота). Впрочем, фамилия могла закрепиться и в форме прозвища без дополнительного оформления. Географически Байгота встречается нечасто, и её носители, вероятно, происходят из регионов, где были сильны тюркские влияния — Поволжья, Приуралья или юга России. Найти однокоренные фамилии вроде Байгин или Байгазин не составит труда, но Байгота стоит особняком: её окончание не типично для татарских или башкирских фамилий, что лишний раз подчеркивает её прозвищный, а не патронимический характер.