Оно ведет свое начало от нарицательного «байга» - «казахские традиционные народные соревнования по верховой езде». Вероятно, Байготой окрестили лихого и бесстрашного наездника, которому не было равных. Согласно другой, менее вероятной гипотезе, основой для прозвища послужило диалектное слово «байгуш» - «нищий из кочевых инородцев, обнищавший киргиз», «отдаленный хуторок». В таком случае прозвище либо содержало указание на национальную принадлежность и социальное положение основателя фамилии, либо отражало особенности места жительства предка.