Фамилия Байготанова — женская форма фамилии Байготанов. Если смотреть на неё с точки зрения словообразования, перед нами типичная тюркская фамилия, оформленная русским патронимическим суффиксом -ов/-ев. Основа здесь — Байготан. В тюркских языках (особенно казахском, башкирском, татарском) слово «бай» означает «богатый», «господин», «хозяин». Вторая часть, «готан» (или «кутан» в ином произношении), скорее всего, восходит к слову «кот» (или «кут») — «счастье», «благодать», «душа». В таком случае Байготан — это составное имя со значением «богатое счастье» или «богатый духом».

Есть и другая, менее вероятная версия: «готан» может быть искажением слова «ходжа» (господин, наставник) или «котан» (загон для скота). Но первая гипотеза выглядит убедительнее, потому что составные имена с компонентом «бай» (Баймурат, Байбек, Байтуган) широко распространены у тюркских народов и часто несли пожелание благополучия.

Фамилия Байготанова — относительно редкая. Она встречается преимущественно в регионах с тюркским населением: в Казахстане, Башкортостане, Татарстане, а также среди переселенцев в Сибири и на Урале. Сословно предки носителя этой фамилии могли быть как зажиточными крестьянами или скотоводами (от «бая»), так и людьми, получившими имя-оберег, которое должно было принести удачу.

В русском языке фамилия склоняется по правилам женских фамилий на -а: Байготановой, Байготанову. При поиске корней стоит обратить внимание на варианты написания: в старых метриках могли писать «Байгутанова» или «Байкотанова» — из-за особенностей произношения и записи тюркских звуков кириллицей.