Фамилия Байгубеков — яркий пример тюркской антропонимической модели, где личное имя или прозвище превратилось в родовое имя с помощью русского патронимического суффикса -ов. В основе лежит сложносоставное имя Байгубек, которое бытовало у многих тюркских народов — казахов, башкир, татар, ногайцев. Разбираем его по частям: «бай» — богатый, господин, уважаемый человек; «губек» — вариант имени Губайдулла (араб. «маленький слуга Аллаха») или же самостоятельное прозвище со значением «высокий, видный». Встречается и версия, что «губек» восходит к тюркскому слову «күбек» — «пена, накипь», но в составе имени это маловероятно: скорее, это искажённое или диалектное произношение арабского имени.

Словообразовательная модель проста: к основе Байгубек прибавили русский суффикс -ов, который в XIX–XX веках стал стандартным способом русификации тюркских фамилий. Примечательно, что в самой фамилии сохранился тюркский именной формант «бек» (князь, господин), что указывает на возможное знатное происхождение основателя рода или, по крайней мере, на его высокий социальный статус в кочевой среде. В отличие от фамилий с суффиксом -ин (Байгубекин), вариант на -ов закрепился в официальных документах, вероятно, при переписях или записи в метрические книги.

Географически фамилия Байгубеков тяготеет к южным регионам России и Средней Азии: её носители встречаются в Астраханской, Оренбургской областях, в Башкортостане и Казахстане. Это не массовая фамилия, а скорее редкая, что говорит о компактном проживании рода в одном из аулов или станиц. Двойной тюркский корень — «бай» и «бек» — делает её почти «говорящей»: предок, получивший такое имя, был, скорее всего, зажиточным и влиятельным человеком, возможно, старшиной или баем.

Споров вокруг этимологии практически нет: все исследователи сходятся на тюркском происхождении с арабским вкраплением. Единственный нюанс — могло ли имя Байгубек быть не личным, а прозвищем, данным за богатство или властность. Но в тюркской традиции такие составные имена (Баймурат, Байтимер, Байгубек) давались детям как пожелание благополучия, так что фамилия, скорее всего, пошла от реального человека с этим именем, а не от прозвища.