Фамилия Байгусова — женская форма, мужской вариант — Байгусов. В основе лежит тюркское составное имя Байгус, которое можно разобрать на две части: «бай» (богатый, господин) и «кус/гус» (птица). В тюркской ономастике имя Байкус или Байгуш встречается у татар, башкир, казахов и означает «богатая птица» или «сокол». Прямое значение — пожелание ребёнку быть удачливым, как хищная птица, или владеть птицами (соколами), что в степи считалось признаком знатности и достатка.

Модель образования типична для русских фамилий, возникших на стыке культур: к тюркскому имени добавили русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Байгуса). В XVI–XVII веках, когда служилые татары и башкиры переходили на русскую службу, их имена часто русифицировали именно так. Байгусовы могли быть потомками татарских мурз или башкирских старшин, которые после присоединения Поволжья и Приуралья к Московскому государству получали поместья и записывались в дворянские списки.

Географически фамилия привязана к зоне расселения тюркских народов: чаще всего она встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается и среди русских, но почти всегда указывает на тюркские корни в роду. Интересно, что в казанских писцовых книгах XVII века упоминаются «Байгусовы дети» — это не фамилия в современном смысле, а отчество, которое со временем закрепилось за родом.

Версия о происхождении от прозвища Байгус («богатый гусём», то есть владелец гусей) менее правдоподобна: в тюркских языках «гус» — птица вообще, а не только домашняя, и в именах чаще фигурирует сокол или беркут. Спорные гипотезы, например, о связи с диалектным русским словом «байгуш» (бедняк, бродяга), не выдерживают критики — это заимствование из того же тюркского корня, но с обратным значением, и к фамилии оно отношения не имеет.