Фамилия Байканова — женская форма, а мужская, Байканов, образована от прозвища или имени Байкан. Основа здесь тюркская: «бай» — богатый, господин, уважаемый человек, а «кан» — кровь, но в составе личных имён чаще выступает как суффикс с уменьшительным или почтительным оттенком. В казахском, татарском, башкирском и других тюркских языках сложные имена с «бай» встречаются сплошь и рядом: Баймурат, Байбулат, Байназар. Байкан могло быть как личным именем, так и прозвищем зажиточного или влиятельного человека.

Суффикс -ов в фамилии указывает на русскую модель патронимического образования: «чей?» — Байканов, то есть сын или потомок Байкана. Такая схема типична для фамилий, которые возникали у тюркских народов после вхождения в состав Российского государства, когда при переписях и в документах имена адаптировали под русскую грамматику. Встречается Байканов в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири — в местах, где веками жили татары, башкиры, казахи, а позже и русские переселенцы.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с географическим названием Байкал. Тогда Байканов мог получить человек, пришедший с Байкала или живший у этого озера. Однако фонетически «Байкал» дал бы скорее Байкальский или Байкалов, а Байканов — это именно аффиксальная тюркская модель. Поэтому первая версия надёжнее.

В сословном плане Байкановы могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми, торговцами или даже мелкими князьями — «бай» в основе не обязательно означал огромное богатство, но выделял человека среди общины. Проследить точную историю конкретной ветви можно только по архивным записям, но общий корень фамилии — тюркский, с уважительным оттенком.