Фамилия Байканов — одна из тех, где на первый взгляд всё ясно, но при ближайшем рассмотрении открывается несколько версий, и выбрать самую правдоподобную непросто. Основа фамилии — «Байкан» — может быть как тюркским именем, так и прозвищем, а суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования от отчества или прозвища отца. Встречается фамилия чаще всего у татар, башкир, казахов и других народов Поволжья и Урала, но может быть и у русских, в чьих предках была тюркская кровь.

Самая прямая версия ведёт к тюркскому имени Байкан. Оно составное: «бай» — богатый, уважаемый, господин, и «кан» — кровь, род, или же в некоторых диалектах — хан, правитель. Таким образом, Байкан могло означать «благородная кровь» или «богатый хан». Имя давали с пожеланием ребёнку богатства и высокого положения. От такого имени естественным образом образовалось отчество: сын Байкана — Байканов.

Есть и другая, менее очевидная версия, связанная с башкирским словом «байҡан» (байкан) — так называют вид дикого лука, или, в переносном смысле, человека, который что-то высматривает, караулит. В этом случае фамилия могла произойти от прозвища, данного либо по месту жительства (у зарослей байкана), либо по занятию (сторож, дозорный). Однако эта версия встречается реже, так как прозвища от названий растений для тюркских фамилий не так типичны, как имена-пожелания.

Стоит обратить внимание на ударение. В большинстве случаев оно падает на последний слог — Байка́нов, что характерно для фамилий, образованных от тюркских имён с ударением на последнем слоге основы. Если же фамилия обрусела и бытует среди русского населения, ударение может смещаться на первый слог — Ба́йканов, но это редкий вариант.

В словарях фамилия не фигурирует как широко известная, но её носители встречаются в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане. Среди известных людей с такой фамилией можно назвать разве что локальных деятелей спорта или культуры, но громких исторических персонажей нет — фамилия скорее народная, крестьянская или мещанская, а не дворянская.