Фамилия Баыкшанов — редкий случай, когда написание сразу выдает региональное происхождение. В русской ономастике сочетание «ык» после «а» почти не встречается в исконно славянских фамилиях. Это верный признак тюркской основы, скорее всего казахской или киргизской. Корень «баык» — это вариант передачи звука, который в современном казахском языке передается как «байық» или «байықша». Слово «байық» означает «богатенький», «зажиточный» или «обильный». Суффикс «-ша» в тюркских языках часто придает уменьшительно-ласкательный или сравнительный оттенок: «байықша» можно понять как «тот, кто побогаче» или «сынок богача». Фамилия образована по русской модели с суффиксом «-ов», что типично для русификации тюркских прозвищ в XIX–XX веках.

Скорее всего, предок носителя фамилии получил прозвище Баыкша (или Баикша) за свое материальное положение или за характер — возможно, его так называли в насмешку или с уважением, в зависимости от контекста. Встречаются варианты написания Баикшанов и Баыкшанов, но второй, с буквой «ы», точнее передает тюркское произношение. Фамилия не входит в списки дворянских родов и распространена локально — в основном среди казахов и киргизов, а также в среде татар. По данным переписей, в России носители фамилии живут преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и в приграничных с Казахстаном регионах. Это не массовая фамилия, и ее носители, вероятно, происходят из одного родового корня, что делает ее интересной для генеалогического поиска.