Фамилия Бадыкшанова — редкий случай, когда географическое название почти наверняка перевесило личное имя. В основе лежит топоним Бадахшан — историческая область в Центральной Азии, разделённая сегодня между Таджикистаном и Афганистаном. Форма «Бадыкшан» — один из вариантов произношения, закрепившийся в русской передаче: через «ы» вместо «а» во втором слоге. Такое написание встречается у тюркских народов, особенно у татар и башкир, где звук «а» в безударной позиции часто переходит в более узкий.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Бадыкшан» добавили суффикс -ов (в женском роде -ова), который указывает на принадлежность — «из рода Бадыкшана» или «сын/дочь Бадыкшана». Суффикс -ск- здесь отсутствует, что характерно для фамилий, возникших не от названия города или княжества, а от прозвища или имени человека, который сам получил прозвание по месту рождения или жительства. То есть предок носителя фамилии, вероятно, был выходцем из Бадахшана, и его так и прозвали — Бадыкшан.

Мужская форма — Бадыкшанов — встречается чаще, чем женская, хотя обе закономерны. География фамилии сосредоточена в Поволжье и на Урале, особенно среди татар и башкир, что подтверждает тюркский след. В русских документах фамилия фиксируется с XIX века, но массово могла распространиться позже, при переписях, когда прозвища превращали в наследственные фамилии.

Спорных версий немного: иногда Бадыкшан пытаются вывести из арабского «бади» (удивительный) или персидского «бад» (плохой), но эти гипотезы слабы — ни одна не объясняет конечное «-кшан». Куда логичнее держаться топонима: Бадахшан — известный регион, и прозвище по месту происхождения — самый естественный путь для такой фамилии.