Фамилия Бадакшанов — редкий случай, когда географическое название в основе почти не вызывает споров. Она образована от топонима Бадахшан — исторической области в Центральной Азии, которая сегодня разделена между Таджикистаном (Горно-Бадахшанская автономная область) и Афганистаном. Суффикс -ов указывает на русскую модель фамилии, а корень прямо называет родину или место, откуда вышел предок.

Исходное прозвище Бадакшан (или Бадахшан) давали человеку, который пришёл из этого региона. В русских документах XVI–XVII веков так называли купцов, послов и выходцев из Средней Азии. С течением времени прозвище закрепилось за потомками в виде фамилии. Важно заметить, что в основе лежит форма «Бадакшан» без буквы «х»: это мог быть результат устной передачи или особенность местного произношения.

Само название Бадахшан восходит к древнеиранскому «бадахш» — титул правителя области. Таким образом, фамилия хранит память не только о месте, но и о социальной структуре региона, где титул «бадахш» носили наместники. Однако прямо связывать носителей фамилии с аристократией не стоит: прозвище давали по месту жительства, а не по должности.

Встречается фамилия преимущественно у татар и башкир, что объяснимо: через эти регионы проходили торговые пути из Средней Азии, и выходцы из Бадахшана оседали там, со временем принимая ислам и ассимилируясь. Встречаются также варианты написания Бадахшанов и Бадакшин — последний мог возникнуть при сокращении основы. Если ваш предок носил фамилию Бадакшанов, скорее всего, он происходил из семьи, чей родоначальник перебрался с Памира или из афганского Бадахшана в Поволжье или Приуралье, вероятно, в XVII–XVIII веках.