Фамилия Бадукшанова почти наверняка происходит от мужской формы Бадукшанов, а та, в свою очередь, — от тюркского прозвища или имени Бадукшан. Разбор начинается с редкого суффикса и основы. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, указывая на принадлежность («сын Бадукшана»), а вот корень «бадук» или «бадуг» — не славянский. Скорее всего, перед нами арабо-тюркское имя, где «шах» или «шан» означает «царь», «владыка», а первая часть может восходить к арабскому «бади» (необычный, удивительный) или к тюркскому «бадук» (большой, великий). Таким образом, Бадукшан — это «великий царь» или «удивительный владыка», что было типичным для составных имен в мусульманских культурах Поволжья и Кавказа.

География подсказывает, что фамилия могла закрепиться у татар, башкир или народов Дагестана, где подобные имена с компонентом «шах» встречаются часто. В русской среде она появилась не раньше XIX века, когда крестьяне из тюркоязычных регионов получали фамилии по отцу — отсюда и стандартный русский суффикс -ов, добавленный к чужому имени. Важно, что окончание -а в женской форме (Бадукшанова) не меняет корня: это просто указание на носительницу женского пола.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить связь с персидским «бад» (ветер), но это маловероятно, так как сочетание «бад-у-шах» («ветер и царь») лишено смысла в антропонимике. Правдоподобнее версия с «бади» и «шах» — она подтверждается множеством аналогичных фамилий вроде Бадигшанов, Бадишанов, где корень тот же, но огласовка иная. Различие в написании (а/и) объясняется диалектным произношением или ошибками писарей при записи в метрических книгах.

В итоге, носитель фамилии Бадукшанова может считать, что её основа — мусульманское составное имя с возвышенным значением, а сама фамилия — типичный пример адаптации восточного имени к русской фамильной модели XIX века.