Фамилия Бадыкшанов — один из тех случаев, когда географическая привязка оказывается важнее, чем прозрачная этимология. В основе фамилии лежит топоним Бадыкшан — так в старых русских документах и в тюркских языках называли историческую область Бадахшан, расположенную на стыке современных Таджикистана, Афганистана и Китая. Этот регион был известен как родина рубинов и лазурита, а также как перекресток караванных путей. Следовательно, первый носитель фамилии, скорее всего, происходил оттуда или имел прозвище по месту выхода — «Бадыкшанец», то есть человек из Бадахшана.

Фамилия образована по продуктивной модели: основа «Бадыкшан» + русский фамильный суффикс -ов. Формант -ов указывает на принадлежность: «сын Бадыкшана» или, точнее, «потомок человека по прозвищу Бадыкшан». Обратите внимание на написание через «ы» — Бадыкшан, а не Бадахшан. Это характерная черта: во многих тюркских языках начальный гласный в заимствованных словах мог переходить в «ы» (сравните: Баку, но в тюркских диалектах — Бакы). В русской канцелярской и бытовой речи XVIII–XIX веков закрепился именно вариант Бадыкшан, который и стал основой для фамилии.

Суффикс -ов — один из самых распространенных в русских фамилиях, но здесь он не указывает на славянское происхождение предка, а лишь оформляет тюркскую или иранскую основу по русской грамматической модели. Фамилия Бадыкшанов — типичный пример фамилии «выходца», то есть человека, переселившегося из другой местности и получившего прозвище по месту прежнего жительства. Такие фамилии часто встречаются у татар, башкир, а также у народов Средней Азии, принявших русское подданство или переселившихся в центральные губернии.

Версия о происхождении от личного имени Бадыкшан менее вероятна. Хотя в тюркской антропонимии встречаются имена, образованные от названий местностей, обычно они редки и вторичны. Куда логичнее предположить, что прозвище дали человеку, который приехал из далекой горной страны, чем что родители назвали сына в честь региона. Социальный контекст тоже прост: носители фамилии Бадыкшанов, скорее всего, не принадлежали к дворянству — это фамилия купеческая, мещанская или крестьянская, возникшая в среде, где людей записывали по месту их происхождения.