Фамилия Бадукшанов — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые другие версии происхождения. Основа фамилии — топоним Бадахшан, историческая область в Центральной Азии, разделённая сегодня между Таджикистаном (Горно-Бадахшанская автономная область) и Афганистаном. Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, а вот корень выдает нерусское, восточное происхождение.

Фамилия образована от прозвища или имени Бадукшан — человека, который либо родился в Бадахшане, либо имел с этой областью прочную родовую связь. В русской ономастике такие фамилии называют «географическими»: их давали выходцам из определённой местности, чтобы отличать от однофамильцев или просто фиксировать происхождение. Интересно, что в тюркских и иранских языках название Бадахшан восходит к древнеиранскому «бада» (высокий) и «хшан» (страна) — «верхняя земля», что точно описывает гористый рельеф региона.

Вариант написания с буквой «у» во втором слоге (Бадукшан вместо Бадахшан) — не ошибка, а типичная народная адаптация. В устной речи акающие говоры (а они преобладают в русском языке) легко превращают безударное «а» в «у»: Бадахшан → Бадукшан. Такая фонетическая запись могла закрепиться в документах при переписи крестьян или записи в метрические книги, когда писарь записывал фамилию на слух.

Сословная принадлежность носителей фамилии не зафиксирована в открытых источниках. Но учитывая, что массовое появление фамилий на -ов у нерусских народов Российской империи приходится на XIX — начало XX века, можно предположить, что предки Бадукшановых были либо крестьянами-переселенцами из Средней Азии, либо торговцами, либо служилыми людьми, попавшими в русскую среду и получившими фамилию по месту выхода. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» нет — это верный признак позднего и простонародного происхождения.

В современной России фамилия встречается крайне редко, в основном на юге страны и в регионах с историческими связями со Средней Азией (Оренбуржье, Поволжье). Единичные носители есть в Таджикистане и среди диаспор. Сравнение с однокоренными фамилиями — Бадахшанов, Бадахшанский, Бадакшанов — показывает, что вариант Бадукшанов фонетически самый «обрусевший» и самый редкий.