Фамилия Баймаканов — одна из тех, где разбор упирается в тюркское имя, а суффикс подсказывает, как именно это имя превратилось в фамилию. Корень здесь — «Баймакан». Это составное мужское имя, распространенное у башкир, татар, казахов и других тюркских народов. Первая часть, «бай», в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин», а в именах часто указывает на знатность или пожелание достатка. Вторая часть, «макан», восходит к арабскому «макан» — «место», «жилище», «обитель». В составе имени это приобретает смысл «богатое место», «знатное жилище» или, в более переносном значении, «господин места», «владелец жилья». Имя Баймакан — не самое частое, но вполне укладывается в модель тюркских двухосновных имен с пожеланием благополучия и оседлости.

Суффикс «-ов» в фамилии Баймаканов — классический русский патронимический показатель, означающий «сын» или «принадлежащий». Фамилию образовали по русской модели от имени отца: Баймакан → сын Баймакана → Баймаканов. Произошло это, скорее всего, в среде крещеных татар или башкир, либо в тех регионах, где тюркское население плотно контактировало с русской административной системой XIX века, когда фамилии начали массово закрепляться и записываться по паспортным нормам. То есть предок носителя фамилии, вероятно, носил имя Баймакан, и его дети получили фамилию по отцу.

Географически фамилия Баймаканов наиболее характерна для Оренбургской области, Башкортостана, Татарстана, а также встречается среди казахов Западного Казахстана. Встречается она не повсеместно, что говорит о локальном бытовании имени-основы. Интересно, что в некоторых говорах имя Баймакан могло закрепиться не как личное имя, а как прозвище — например, для человека, который построил большой дом или владел хорошим подворьем. Но более вероятно, что это именно старое личное имя, которое со временем вышло из активного употребления.

Сравните с однокоренными фамилиями: Баймаков, Баймурзин, Баймагамбетов. Во всех случаях основа «бай» повторяется, а вторая часть разная, что подчеркивает продуктивность модели. В фамилии Баймаканов интересен именно компонент «макан» — он встречается реже, чем «мурза», «бек» или «гали», что делает фамилию более редкой и локально привязанной. Если искать социальный контекст: носители имени Баймакан вряд ли относились к высшей знати (султанам или князьям), но могли быть зажиточными крестьянами, старшинами или торговцами — людьми, которые имели «свое место» и достаток.