Фамилия Баймаканова — женская форма, а мужской вариант Баймаканов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу, а она почти наверняка тюркская. Скорее всего, перед нами сложное имя, составленное из двух слов: «бай» и «макан».

«Бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин», а также входило в состав множества имён как пожелание богатства и знатности. Вторая часть — «макан» — менее однозначна. Самое вероятное объяснение: это искажённое или диалектное произношение слова «махан» (мясо, особенно конина). В таком случае Баймакан — это имя-пожелание «богатый мясом», то есть сытый, обеспеченный, зажиточный. Для кочевых скотоводческих народов (казахов, башкир, татар, киргизов) обилие мяса было прямым синонимом благополучия.

Есть и другая, менее распространённая версия. «Макан» может восходить к арабскому «макан» — «место», «пространство». Тогда имя Баймакан означало бы «богатое место» или «обитель богача». Однако версия с «маханом» выглядит правдоподобнее, так как в живой речи звук «х» в середине слова часто выпадает или заменяется на «к», особенно в фамилиях, записанных русскими чиновниками на слух.

Суффикс -ов (в мужском варианте) — стандартный русский патронимический суффикс, который добавляли к тюркским именам при оформлении фамилий в XIX — начале XX века. Он указывает на принадлежность: «сын Баймакана». Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был человеком, которого звали Баймакан, и это имя ему дали родители с надеждой на достаток и сытую жизнь.

Географически фамилия Баймаканова встречается преимущественно среди башкир и татар, а также у казахов. Встречаются варианты написания с одной «н» (Баймаканова) и с двумя (Баймакканова), что подтверждает разное произношение основы в диалектах. Сословных границ у фамилии не было: её могли носить как рядовые скотоводы, так и представители родовой знати — всё зависело от того, насколько «богатым» был конкретный Баймакан.