Фамилия Баймакулов — яркий пример того, как русская фамильная модель усвоила тюркское имя. Её основа — мужское личное имя Баймакул, которое в свою очередь составное. Первая часть, «бай», в тюркских языках означает «богатый, господин, хозяин», а в именах часто передаёт пожелание богатства и знатности. Вторая часть, «макул», — это, скорее всего, вариант имени Макул, восходящего к арабскому «ма’кул» — «разумный, понятливый, благоразумный». Таким образом, имя Баймакул можно перевести как «богатый разумом» или «господин благоразумный» — типичное для тюркской антропонимики имя-пожелание, соединяющее социальный статус с моральным качеством.

Суффикс «-ов» — классический русский патронимический показатель, означающий «сын» или «принадлежащий». В данном случае он прикреплён к тюркскому имени, что характерно для фамилий тюркских народов, длительное время живших в составе Российского государства. Фамилия Баймакулов буквально значит «потомок Баймакула».

С точки зрения географии, фамилия распространена в среде башкир и татар, а также встречается у казахов. Башкирский вариант фамилии часто пишется без русифицирующего суффикса — Баймакулов, но встречается и форма Баймакуллин (с другим суффиксом). В некоторых говорах имя могло звучать как Баймакыл, что отразилось на написании.

Редкая деталь: в отличие от многих тюркских имён, где вторая часть — «кул» (раб Бога, как в Габдулла), здесь «кул» — это «макул», то есть «разумный». Это отличает фамилию от более частых Байкуловых или Баймурзиных. Носитель фамилии Баймакулов в XVI–XVII веках мог быть служилым татарином или башкиром, несшим сторожевую службу на южных рубежах России, либо зажиточным крестьянином-вотчинником. Споров о происхождении основы практически нет — все ономасты (Унбегаун, Никонов) сходятся на тюркском имени с прозрачной внутренней формой.