Фамилия Байтокова — женская форма, в основе которой лежит мужское прозвище или имя Байток. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать эту основу, и здесь есть как минимум два правдоподобных пути, ведущих в разные регионы и языковые группы.

Первый и самый прямой вариант — карачаево-балкарские корни. Прозвище Байток складывается из двух тюркских слов: «бай» (богатый, состоятельный, господин) и «токъ» (сытый, пухлый, полный). В буквальном смысле так могли назвать зажиточного, упитанного человека — прозвище по достатку и внешности, что для традиционных обществ было характерной и понятной характеристикой. Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: «сын (или потомок) Байтока», что типично для русской модели оформления тюркских имён.

Вторая версия отсылает не к внешности, а к географии. Прозвище Байток могло возникнуть от топонима Байтог (или Байтаг). В тюркских языках «таг» — гора, поэтому «Байтаг» означает «богатая гора» или «большая гора». Самый известный объект с таким названием — гора Байтог в Бурятии, в Кудинской степи. Это высокое, заметное издалека место, которое у местных бурят племени эхирит считалось священным: там устраивали родовые молебствия (тайлаганы). Подобные топонимы встречаются и в Казахстане, и в Туве. Если предок был выходцем с такого места или жил у подножия этой горы, его могли прозвать Байтоком — по названию местности.

Какая из версий точнее, сказать без генеалогического исследования трудно. Ясно одно: фамилия Байтокова — не случайный набор звуков, а след, ведущий либо к конкретному человеку с приметной внешностью и положением, либо к целому роду, связанному с почитаемой горой.